Rezygnacja ze zwolnienia z VAT przy sprzedaży nieruchomości – Kiedy warto i jak uniknąć pułapek?

lip 27, 2026 | Ekspert podpowiada, Przewodnik TAX-ES

Sprzedaż zabudowanych nieruchomości na rynku wtórnym jest co do zasady zwolniona z podatku VAT. Wyjątkiem są sytuacje, gdy dostawa jest dokonywana w ramach tzw. pierwszego zasiedlenia lub gdy od pierwszego zasiedlenia nie upłynęły dwa lata. Chociaż zwolnienie z podatku brzmi atrakcyjnie i może wydawać się, że zawsze jest korzystnym rozwiązaniem, na gruncie podatku VAT może wiązać się z koniecznością korekty wcześniejszych rozliczeń.

Biorąc pod uwagę znaczne kwoty związane z nieruchomościami, ustawodawca przewidział możliwość dobrowolnej rezygnacji ze wspomnianego zwolnienia. Tu jednak również na podatników może czekać pułapka.

Kiedy warto opodatkować sprzedaż?

Podatek VAT rządzi się swoimi prawami i opodatkowanie transakcji nie zawsze musi być rzeczą niepożądaną dla przedsiębiorcy, który sprzedaje nieruchomość. Jeżeli w związku z jej nabyciem lub ulepszeniem dokonał odliczenia podatku VAT i nie upłynął jeszcze 10-letni okres korekty podatku, zwolnienie sprzedaży z opodatkowania rodzi bolesny obowiązek zwrócenia części podatku naliczonego.

Rozwiązaniem tego problemu jest art. 43 ust. 10 ustawy o VAT, który pozwala na dobrowolną rezygnację ze zwolnienia i opodatkowanie takiej transakcji. Podstawowym warunkiem jest, aby obie strony były czynnymi podatnikami VAT. Dzięki temu nabywca, jeżeli wykorzysta nieruchomość na cele działalności opodatkowanej, będzie mógł dokonać odliczenia podatku.

W praktyce oznacza to, że czynność pod kątem VAT będzie neutralna dla obu stron – sprzedawca nie będzie musiał dokonywać korekty wcześniej odliczonego podatku, a nabywca, który odliczy podatek nie poniesie jego ekonomicznego ciężaru.

Jak to właściwie zrobić?

Jak już wspomniano, dla możliwości rezygnacji ze zwolnienia obie strony transakcji były zarejestrowane jako podatnicy VAT czynni. Oprócz tego pakiet SLIM VAT 2 wprowadził możliwość złożenia oświadczenia o rezygnacji w dwóch formach – wcześniej konieczne było zawiadomienie organu podatkowego. Zgodnie z obecnym brzmieniem przepisu, opodatkowanie sprzedaży nastąpi, jeżeli sprzedający i nabywca złożą:

  1. przed dniem dokonania dostawy tych obiektów właściwemu dla ich nabywcy naczelnikowi urzędu skarbowego lub
  2. w akcie notarialnym, do zawarcia którego dochodzi w związku z dostawą tych obiektów

– zgodne oświadczenie, że wybierają opodatkowanie dostawy budynku, budowli lub ich części.

Warto wspomnieć tutaj o ciekawej sytuacji związanej z prawem pierwokupu – WSA we Wrocławiu w wyroku z dnia 22 lutego 2024 r. (I SA/Wr 713/23) wskazał, że oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia z VAT złożone już na etapie umowy przedwstępnej jest w pełni skuteczne również wobec podmiotu trzeciego, który dołącza do transakcji realizując prawo pierwokupu. W praktyce jest to jedynie zmiana jednej ze stron umowy, która skutkuje wobec niej wejściem w ogół praw i obowiązków przysługujących pierwotnemu nabywcy i nie ma wpływu na charakter transakcji.

Pułapki niejednolitej interpretacji i nadmiernego formalizmu

Wydawałoby się, że przepisy są jasne, jednak praktyka i orzecznictwo pokazują, że organy podatkowe potrafią bardzo rygorystycznie podchodzić do formy oświadczeń. Jeszcze przed ustawowym umożliwieniem rezygnacji ze zwolnienia w drodze oświadczenia złożonego w akcie notarialnym, sądy twierdziły, że wymóg zawiadomienia o tym naczelnika urzędu skarbowego jest niezgodny z zasadą proporcjonalności. Przykładowo NSA w wyroku z dnia 26 stycznia 2023 r. (I FSK 1898/19) wskazał, że:

„Nie jest proporcjonalny wymóg złożenia oświadczenia naczelnikowi urzędu skarbowego o wyborze opodatkowania przed dniem dokonania dostawy, w przypadku gdy do dostawy dochodzi w dacie zawarcia aktu notarialnego i w dniu podpisywania aktu notarialnego strony złożyły zgodne oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia i wyborze opodatkowania transakcji.”

 

Wątpliwości może budzić także kwestia nieujęcia oświadczenia w akcie notarialnym oraz sama jego forma. Pojawia się wtedy pytanie czy wskazanie ceny w kwocie netto + VAT jest wystarczające dla uznania, że sprzedaż podlega opodatkowaniu?

Zdarza się, że nawet sądy przedstawiają tutaj niekorzystne stanowisko, przykładowo w wyroku WSA w Gdańsku z dnia 5 lipca 2023 r. (I SA/Gd 174/23) czytamy, że:

„(…) brak podstaw do przyjęcia, że strony oświadczyły o wyborze opodatkowania. Należy stwierdzić, że nie jest tożsame z oświadczeniem o rezygnacji ze zwolnienia z opodatkowania oświadczenie stron, że transakcja podlega VAT. Należy zauważyć zgodność zeznań na okoliczność prawnego stanowiska sprzedawcy działającego pod presją stanowiska notariusza. Sprzedawca złożył oświadczenie w akcie notarialnym dotyczące ceny, w której uwzględniono podatek VAT, jednocześnie niezwłocznie strony umowy podpisały dokument porozumienia potwierdzający zamiar skarżącej weryfikacji stanowiska prawnego. W akcie notarialnym nie został zawarty zapis odzwierciedlający zgodny zamiar stron rezygnacji ze zwolnienia od podatku VAT. Niepewność co do prawa i stanowcze wskazanie notariusza nie mogą kształtować prawnopodatkowej sytuacji stron. Oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT nie może mieć charakteru domniemania. Nie jest zrozumiałe wskazanie organu dotyczące zmiany aktu notarialnego w części dotyczącej ceny nieruchomości. Relacja między stronami umowy podlegająca przepisom prawa cywilnego jest neutralna w rozpoznawanej sprawie.

Ustalenie organu, że strony umowy oświadczyły w akcie notarialnym, że transakcja podlega VAT nie stanowi podstawy w szczególnych okolicznościach niniejszej sprawy, w której w dacie umowy zostało podpisane porozumienie stron wyraźnie odnoszące się do braku zgodności co do zwolnienia od podatku, uznania, że strony złożyły oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia.”

 

Niedawny sukces Kancelarii TAX-ES

Z podobnym jak wyżej problemem zgłosili się do nas jakiś czas temu klienci, którzy zgodnie chcieli opodatkować sprzedaż zabudowanej nieruchomości podatkiem VAT. Nie złożyli w tym celu oświadczenia do właściwego naczelnika urzędu skarbowego, a w samym akcie notarialnym również zabrakło typowej treści: „Strony oświadczają, że rezygnują ze zwolnienia…”.

Akt notarialny wskazywał jednak cenę nieruchomości z wyszczególnionym podatkiem VAT, a w związku ze sprzedażą nie pobrano podatku od czynności cywilnoprawnych. Nie powinno być zatem wątpliwości, jaki jest rzeczywisty zamiar stron w tym zakresie.

Pomimo tego organ podatkowy zakwestionował takie działanie, a zwrot kilkuset tysięcy złotych podatku naliczonego stanął pod znakiem zapytania. Oczywiście nie daliśmy za wygraną i złożyliśmy odwołanie do organu drugiej instancji wskazując, że jest to przejaw nadmiernego formalizmu, a przepisy nie wskazują, że jedynie określony zwrot użyty w akcie notarialnym może być traktowany jako „złożenie oświadczenia”, kiedy wola stron nie budzi wątpliwości. Dobra argumentacja przyniosła sukces – Dyrektor Izby Administracji Skarbowej przyznał nam rację uchylając wcześniejszą decyzję i określając wysokość podatku do zwrotu.

Jak się przygotować?

Mechanizm rezygnacji ze zwolnienia z podatku VAT to w swoim zamyśle niezwykle przydatne narzędzie, które pozwala przedsiębiorcom uniknąć konieczności zwrotu odliczonego podatku i upraszcza rozliczenia, nie obciążając przy tym kupującego (w określonych przypadkach). Praktyka pokazuje jednak, że organy podatkowe, a niekiedy również sądy, wykazują w tym obszarze przesadny formalizm i naruszają zasadę proporcjonalności, co niestety przekłada się na realne problemy i wątpliwości podatników.

Ponieważ sprzedaż nieruchomości niemal zawsze wiąże się z dużymi kwotami, a co za tym idzie – z dużym ryzykiem, warto odpowiednio wcześniej zabezpieczyć swoje interesy przy wsparciu eksperta.

Zaobserwuj nasze strony w mediach społecznościowych

Zobacz również